Botkin được sinh ra ở St. Petersburg, Đế quốc Nga, con trai của Anastasia Alexandrovna (Krylova) và Sergey Botkin, từng là một bác sĩ dưới thời Sa hoàng Alexander II và Alexander III. Botkin theo cha học ngành y, lấy bằng tại Đại học St. Petersburg và học thêm tại các trường đại học Berlin và Heidelberg.[2] Sau đó, ông được bổ nhiệm làm trưởng khoa tại Bệnh viện St. Georgievsky ở St. Petersburg. Ông phục vụ đặc biệt trên tàu Bệnh viện St. Georgievsky trong Chiến tranh Nga-Nhật.

Botkin được bổ nhiệm làm bác sĩ của tòa án vào năm 1908. Botkin đã kết hôn và có bốn đứa con, Dimitri, Yuri, Gleb và Tatiana. Cuộc hôn nhân của anh tan vỡ dưới sự căng thẳng do sự cống hiến của Botkin dành cho Romanovs và thời gian dài ở tòa án. Vợ ông, bà Olga, bắt đầu ngoại tình với gia sư người Đức. Cô yêu cầu, và được cho phép, ly hôn.[2]

Botkin sau đó tuyệt vọng khi hai con trai lớn của ông, Dimitri và Yuri, bị giết trong chiến tranh trong Thế chiến thứ nhất.[2] Botkin ngày càng trở nên sùng đạo và "phát triển sự ghê tởm ngày càng tăng đối với xác thịt", theo con trai của ông, Gleb.

"Từ một thời đại rất êm đềm, bản chất đẹp đẽ và cao quý của anh đã hoàn tất," anh trai Peter nhớ lại sau đó. "Anh ấy không bao giờ như những đứa trẻ khác. Luôn nhạy cảm, với một sự ngọt ngào, tinh tế bên trong tâm hồn phi thường, anh có một nỗi kinh hoàng của bất kỳ cuộc đấu tranh hay chiến đấu nào. Chúng tôi và những chàng trai khác sẽ chiến đấu với một cơn giận dữ. Anh ta sẽ không tham gia vào các trận chiến của chúng tôi, nhưng khi chủ nghĩa pugil của chúng tôi mang một nhân vật nguy hiểm, anh ta sẽ ngăn các chiến binh có nguy cơ tự làm mình bị thương. Anh ấy rất chăm học và tận tâm trong học tập. Đối với một nghề nghiệp, ông đã chọn ngành y học: giúp đỡ, chống đỡ, xoa dịu, chữa lành không có hồi kết. " [2]